从工资中扣除。
月工资超过3500元，就要开始缴纳个人所得税。个人所得税的计算方法按七级累计税率分段计算。
个人所得税由当地税务机关负责征收，单位负责代扣代缴，每月从个人应纳税工资里扣除。这里所讲的应纳税工资，是指扣除个人负担的养老保险、医疗保险、失业保险及公积金后的工资余额。
公司给员工发工资是不需要交税的，但是员工的工资超过个人所得税的起征点员工要缴纳个人所得税。法律依据：根据《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得;
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。
(九)偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
1、个人所得税归地税局管，如果是公司职员，必须由公司代扣代缴，是从你工资里面扣除的，一般来说税务局势不会受理个人缴纳的；
2、纳税证明是在公司名称下，才有个人姓名和身份证号码以及每个月所交个税金额的。
3、《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条规定：纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条规定：纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款。